根据联合会副主席兼秘书长曾晓东同志提出的《关于法律服务中心机构设置和职能分工方案》，经过中华环保联合会第一届第四次主席办公会暨第四次常务理事会同意，环境法律服务中心经过整合暂分为综合部（法律专家委员会秘书处）、维权案件督查部、法律援助部。
综合部是法律中心综合管理部门，协助领导承办、参谋、管理和协调部门各项工作，全力支持环境维权，负责环境法律服务中心的日常行政工作，法律专家委员会日常事务，环境维权宣传教育，组织各类学术会议等工作。目前有工作人员三名。
维权案件督查部是法律中心主管环境案件督查的业务部门，通过对环境案件进行调研,掌握环境污染或破坏的事实、程度等相关情况的第一手资料，适时作出协调处理，并督查相关部门的落实情况。目前有工作人员三名。
法律援助部是法律中心主管环境案件诉讼的业务部门，以诉讼方式对环境权益受害者提供法律救助，实施环境维权，积极开展与环境维权志愿律师和志愿律师事务所的合作，开展理论、政策和相关法律法规的研究，提出立法或司法建议等工作。目前有工作人员四名。
新调整带来新思路，新思路促进新发展。面貌一新的环境法律服务中心将继续围绕构建社会主义和谐社会的理念，全面贯彻第六次全国环境保护工作大会的精神，着眼于架构未来工作远景，结合自身资源优势，切实发挥环境法律服务中心的独有力量和工作特色，力求成为政府职能最有效的补充以及民间环境维权领域最突出的代表。
